Chi cục Quản lý Chất lượng Nông Lâm sản và Thuỷ sản Hà Nội được thành lập theo Quyết định số 1662/QĐ-UBND ngày 13/4/2010 của Uỷ ban nhân dân thành phố Hà Nội, bộ máy gồm 03 phòng, 01 đơn vị trực thuộc (Phòng quản lý chất lượng, Phòng thanh tra, Phòng hành chính tổng hợp, Trạm kiểm định chất lượng),
           Ngày 17/9/2010 Sở Nông nghiệp & PTNT Hà Nội công bố Quyết định thành lập Chi cục Quản lý Chất lượng Nông Lâm sản và Thuỷ sản Hà Nội (Với tổng số cán bộ ban đầu là 12 đồng chí, trong đó 3 người chính thức, 9 người là cán bộ biệt phái từ các Chi cục khác trực thuộc Sở Nông nghiệp & PTNT Hà Nội). Năm 2011 Chi cục Quản lý Chất lượng Nông Lâm sản và Thuỷ sản Hà Nội chính thức đi vào hoạt động.
           Ngày 27/07/2022 UBND thành phố Hà Nội ban hành Quyết định số 2613/QĐ-UBND về việc quy định vị trí, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Chi cục Quản lý Chất lượng Nông Lâm sản và Thuỷ sản thuộc Sở Nông nghiệp và PTNT Hà Nội.

            Đến 01/2024 UBND Thành phố Hà Nội ban hành quyết định số 137/QĐ-UBND ngày 09/01/2024 về việc Đổi tên Chi cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản Hà Nội thành Chi cục Chất lượng, Chế biến và Phát triển thị trường Hà Nội và kiện toàn vị trí, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức.

           Đến 01/2024 tổ chức bộ máy của Chi cục Chất lượng, Chế biến và Phát triển thị trường Hà Nội gồm 04 phòng (Phòng Hành chính - Tổng hợp; Phòng Quản lý chất lượng sản phẩm nông nghiệp; Phòng An toàn thực phẩm; Phòng Chế biến và Phát triển thị trường nông nghiệp). Tổng số công chức và lao động hợp đồng do đơn vị quản lý hiện nay: là 30 người, trong đó công chức 27 người, hợp đồng 111/NĐ-CP và lao động khác 03 người. Trình độ: Tiến sỹ 01 người (chiếm 3,1 %), thạc sỹ 15 người (chiếm 46,9 %), Đại học 14 người (chiếm 43,7 %), Cao đẳng và Trung cấp 02 người (chiếm 6,3 %). Công chức nữ 17 người (chiếm 57 %).